曾国藩已经决定牺牲百姓，来满足列强的要求了。他的内心经过了一番纠结和斗争：“吾辈身在局中，岂真愿酷虐吾民以快敌人之欲？徒以边衅一开则兵祸联结，累岁穷年而未有已。”他没有被狂热情绪所左右，依然冷静地做出务实的选择。

1870年7月25日，曾国藩的《查明天津教案大概情形折》送抵北京。

在奏折中，曾国藩虽然将板子打在了天津百姓身上，但同时提出了五个“质疑点”，详细解释了谣言愈传愈盛、天津绅民“积疑生愤”的原因。他从中西方文化差异的角度为天津官民辩护。比如，曾国藩指出西式建筑均设有地窖，这些地窖和中国人的地窖并无区别，但因为不是本地匠人建造，以讹传讹，天津绅民最后相信“地窖深邃，各幼孩幽闭其中”。又比如，曾国藩提到天主教的施洗仪式。教民死后，神父“以水沃其额而封其目，谓可升天堂也”。习惯用哭丧来表达悲伤的中国人对此不可理喻，并且觉得洋人诡异、鬼祟。

应该说，《查明天津教案大概情形折》大致是公允、客观的。然而，慈禧太后看了奏折后，表示“此事如何措置，我等不得主意”，下令将奏折公开发布。发布之时，慈禧故意删除了曾国藩为天津官民辩护的五点意见，导致整个奏章都将责任推给天津百姓。奏折一公布，原本对曾国藩寄予厚望的舆论迅速转向，“卖国”、“投降”、“卑躬屈膝”等骂声劈头盖脸地向曾国藩扑去。

可见，慈禧并非“不得主意”，而是极富心机。她急令曾国藩去天津查办，将曾国藩推到前台，既为了解决棘手难题，又可让他替自己和朝廷承担所有的压力和指责，借此打击声望正隆的曾国藩和异军突起的湘军势力，可谓一箭双雕。慈禧轻轻地删除几段话，就把曾国藩钉在了“卖国”的耻辱柱上，洗刷了自己卖国的嫌疑，反衬出自己的“公正”与“爱国”来。至于之前催逼曾国藩查办天津官民的朝廷衮衮诸公，如今都三缄其口，任由曾国藩一个人陷入旋涡之中。曾国藩被身后的朝廷抛弃了！

曾国藩有口难言，无法自辩。他又不能说朝廷公布的奏折窜改了自己的意思，只好再一次“打碎牙齿和血吞”。亲友和幕僚则纷纷劝告曾国藩转换态度，讨好舆论。毕竟最终的处理结果还没有敲定，曾国藩还有奋力游出旋涡自救的机会。曾国藩沉默了。

9月，曾国藩还是奏报清廷，定首批“要犯”三十二人，其中十五人正法，十七人流徙；10月又将九名“要犯”上奏，其中正法五人，四人充军。曾国藩根据“一命抵一命”