未向同盟会本部公开赠款的问题，以致于引起一些会员的不满和怀疑，围绕着经费问题，掀起了第一次倒孙风潮。

离开日本时，北辰留下两千元给章太炎，作为《民报》的经费。但章太炎嫌少，认为应该将日商资助的一万元全部留下。由此对北辰产生了意见。后来又得知北辰还接受日本政府资助五千元一事，立时开始大闹起来。

“受贿！孙被收买了！”

“此举有损同盟会的威信！”

章太炎更是火气冲天。撕下挂在民报社的孙zs相片，然后批上了“卖《民报》之孙应即撤去”等字。这还不解气，他以为孙zs在同盟会香港分会，便又将批了字的相片寄到香港，以示羞辱。

同盟会内部的“反孙”声浪进一步高涨，章太炎、刘师培、谭人凤等人纷纷要求主持同盟会本部工作的刘揆一召开大会。罢免孙zs的总理职务，改选黄继任。

内部纷争终于还是影响到了外部起事。此时正值孙zs派萱野长知赴日购枪械，在宫崎寅藏协助下，本来已洽谈购得村田式快枪二千支。但是章太炎等人却认为武器陈旧不宜作战，以《民报》社名义发明码电报给香港《中国日报》。说是“械劣难用，请停止另购”。因而，购械计划搁浅。

这次倒孙风潮虽然因孙的自我坚持和黄的反对而没有发展下去，从表面上看，似乎得以平息了。但在革命党内部，一些反对或者不满孙的情绪还继续存在。而由此带来的负面效应很是明显，孙zs后来也不太过问同盟会本部事务，而同盟会组织也渐有涣散之势。

首先是光复会退出了同盟会，仍以本会的名义独自进行活动；其次是不满孙把运动革命的重心放在华南，对于长江流域的革命未给予足够重视的一批同盟会会员，如张伯祥、邓文恽、焦达峰、方潜等人，成立共进会，改平均地权为平均人权，另行设计十八星旗，在某种程度上与同盟会作了很大的区隔。

冰冻三尺，非一日之寒。同盟会成立之初便有着先天的不足和缺陷，革命团体之间宗旨异趣，“弥隙难缝”，终于还是逐渐涣散。

尽管黄冈起义没有得到外部饷械的支援，颓势渐显，但却得到了另一场起义的呼应。

兴中会已故会员郑士良的助手邓子瑜，奉北辰之命联络三合会陈纯等首领，纠合了二三百人，一举占领了七女湖镇，并夺得该镇巡防营的械弹。而后，克泰尾、杨村、三达，攻占杨村西南，夺得博罗东北。旋又在八子爷打败清营管带洪兆麟，转而向南，横行于归善之东。